航空航天工程系成立于2026年6月，面向国家航空航天强国建设和低空经济发展需求，围绕低空无人系统、航空与航天等方向，推动飞行器设计、自动控制、智能传感、光电探测等领域的交叉融合。全系坚持立德树人，推进科教融汇与产教融合，培养具有家国情怀、创新精神和实践能力，具备扎实理论基础、系统专业知识与交叉学科素养，善于解决航空航天领域复杂工程问题的高素质复合型人才。
2018年6月，吉林大学在机械科学与工程学院的基础上成立机械与航空航天工程学院，并成立航空航天工程研究院，为航空航天相关学科发展奠定基础。多年来，学院持续推进相关学科方向、科研平台与人才培养体系建设。在此基础上，航空航天工程系于2026年6月成立，进一步实体化推进航空航天相关学科专业建设，承担低空技术与工程、航空工程、航天工程等相关专业方向的建设任务，促进学科建设、人才培养、科学研究与产业需求协同发展。
在科学研究与合作交流方面，依托学院学科平台和航空航天工程研究院，面向低空无人系统、大飞机功能机构、空天数据共融、航天宇航装备、光电探测技术与系统、航空航天智能材料等领域的关键科学问题与工程需求，开展基础研究、技术攻关与工程应用研究，推进与行业企业、国内外高校及科研院所的交流合作，促进科研项目协同、创新人才培养与科研成果转化。
在学位与研究生培养方面，吉林大学于2025年获全国首批低空技术与工程博士学位授权点，该学位点被列入国务院学位委员会2025年超常布局学位授予点名单，自2026年起招收低空技术与工程学术学位博士研究生，2027年起招收学术学位硕士研究生。研究生培养面向国家低空经济发展需求，强化多学科交叉，着力培养具有扎实理论功底、前沿创新能力和工程实践素养的高层次人才。
学生毕业后可在航空宇航科学与技术、低空技术与工程、机械工程、光学工程、力学、控制科学与工程、材料科学与工程等相关学科继续深造，或在航空航天、低空经济、先进制造等领域从事技术研发、成果转化、生产组织与项目管理等工作，逐步成长为服务国家战略需求、支撑行业发展的专业技术与管理人才。